Existen dos razones principales por las que ves que Site Audit solo ha rastreado algunas páginas de tu proyecto.

Si utilizaste la versión "www", pero tu sitio principal no es www, Site Audit no será capaz de rastrear tu sitio.
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La manera más fácil de verificar cómo es el sitio es abrir ese sitio en un navegador:

Si la parte "www" no aparece, no debes incluirla cuando comience la auditoría.

Si tu sitio web está alimentado por JS, tendrás que habilitar la opción Ejecutar JavaScript al configurar tu rastreo:

Esto debería resolver el problema con el número de páginas rastreadas.