ドメインを参照するよりもIPを参照する方が多い理由は少なくとも2つあります。
理由 #1
同じドメインは複数の IP アドレスを持つことができます。 通常、これは負荷を広げるために行われます。 詳細情報: http://en.wikipedia.org/wiki/Round-robin_DNS
理由 #2
X がこれらのページからのバックリンクが 3 つしかないドメインであるとしましょう:
http://subdomain1.domain.com/index.html は IP 1.1.1.1 のサーバー上にあります
http://subdomain2.domain.com/index.html は IP 2.2.2.2 のサーバ上にあります。
http://subdomain3.domain.com/index.html は IP 3.3.3.3 のサーバー上にあります
ドメインXには参照元ドメイン(domain.com)が1つしかないことがわかりますが、参照元IP(1.1.1.1, 2.2.2, 3.3.3)が3つあります。