Existem duas razões principais pelas quais você vê que o Site Audit apenas rastreou algumas páginas em seu projeto.

Se você usou a versão "www", mas seu site principal é sem www, o Site Audit não conseguirá rastrear seu site.
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A maneira mais fácil de verificar como é o site é abrir esse site em um navegador:

Se a parte "www" não estiver lá, você não deve incluir ao iniciar sua auditoria.

Se o seu site for movido a JS, você precisa habilitar a opção Executar JavaScript ao configurar seu rastreamento:

Isso deve resolver o problema com o número de páginas rastreadas.