Existem pelo menos duas razões pelas quais pode haver mais IPs de referência do que Domínios de Referência.

O mesmo domínio pode ter múltiplos endereços IP. Normalmente, isso é feito para distribuir a carga. Mais informações: http://en.wikipedia.org/wiki/Round-robin_DNS

Vamos supor que X é o domínio para o qual existem apenas três backlinks dessas páginas:

http://subdomain1.domain.com/index.html está localizado no servidor com IP 1.1.1.1

http://subdomain2.domain.com/index.html está localizado no servidor com IP 2.2.2.2

http://subdomain3.domain.com/index.html está localizado no servidor com IP 3.3.3.3

Acontece que o Domínio X tem apenas um domínio de referência (domain.com) mas 3 IPs de referência (1.1.1.1, 2.2.2.2, 3.3.3.3)