Existen al menos dos razones por las que puede haber más IP de referencia que dominios de referencia.
Razón n.º 1
El mismo dominio puede tener varias direcciones IP. Normalmente, esto se hace para distribuir la carga. Más información: http://en.wikipedia.org/wiki/Round-robin_DNS
Razón n.º 2
Supongamos que X es el dominio para el cual solo hay tres backlinks de estas páginas:
http://subdomain1.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 1.1.1.1
http://subdomain2.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 2.2.2.2
http://subdomain3.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 3.3.3.3
Resulta que el dominio X solo tiene un dominio de referencia (domain.com,) pero tres IP de referencia (1.1.1.1, 2.2.2.2, 3.3.3.3)