Hay por lo menos dos razones por las que puede haber más número de referencias que la referencia de dominios.

El mismo dominio puede tener varias direcciones IP. Normalmente, esto se hace para difundir la carga. Más información: http://es.wikipedia.org/wiki/Round-robin_DNS

Supongamos que X es el dominio para el cual solo hay tres backlinks de estas páginas:

http://subdomain1.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 1.1.1

http://subdomain2.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 2.2.2

http://subdomain3.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 3.3.3

Resulta que el dominio X sólo tiene un dominio de referencia (domain.com) pero 3 de Ivo de referencia (1.1.1.1, 2.2.2.2, 3.3.3.3)