Existen al menos dos razones por las que puede haber más IP de referencia que dominios de referencia.

El mismo dominio puede tener varias direcciones IP. Normalmente, esto se hace para distribuir la carga. Más información: http://en.wikipedia.org/wiki/Round-robin_DNS

Supongamos que X es el dominio para el cual solo hay tres backlinks de estas páginas:

http://subdomain1.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 1.1.1.1

http://subdomain2.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 2.2.2.2

http://subdomain3.domain.com/index.html se encuentra en el servidor con IP 3.3.3.3

Resulta que el dominio X solo tiene un dominio de referencia (domain.com,) pero tres IP de referencia (1.1.1.1, 2.2.2.2, 3.3.3.3)